澎湖海洋地質公園中心，是澎湖縣政府針對地質公園所設置的，位於第三漁港旁，與馬公市公所只有一條街道之隔。 地質中心內有地質公園的介紹，還有澎湖的自然保護區，和貓嶼海鳥保護區、七美石器工廠的分佈圖、澎湖地質年代表、 世界各國地質公園、台灣地質公園、石材生活主題、澎湖特色景觀、玄武岩的介紹等等，非常豐富詳細。

內部空間雖然不大，卻分為15區，有：「澎湖玄武岩展示」、「澎湖特色景觀」、「玄武岩介紹」、「澎湖地質年代表」、 「澎湖六大地質公園」、「澎湖的自然及海鳥保護區」、「七美史石器工廠」、「世界共同的資產」、「石材生活主題」、「視聽室」、「圖書與石材工藝品」及「互動益智活動」等。

特別的是地質中心的外觀主要是以石為主，走的是傳統與和式的風格，是非常有特色的建築。內部分成許多館區，裡頭也木製的樓梯，樓中樓層層往上去， 可以站在較高的地方欣賞館內。裡頭也有許多地區是提供給小朋友的科學教學的喔！